镀锌水箱和不锈钢水箱的主要区别在于材质、价格、用途、性能以及外观。

材质：镀锌水箱主要由Q235钢板冲压而成，经过热浸镀锌处理，而不锈钢水箱的材质可以是201板材、304板材或316板材。不锈钢水箱的材质更为多样化，且通常更轻便、坚固耐用。

价格：镀锌水箱的价格相对较低，而不锈钢水箱的价格较高，但因其质量和材质保证而受到欢迎。

用途：镀锌水箱通常用于工程用水和生活用水，而不锈钢水箱则广泛应用于生活用水、饮用水、消防用水等多种场景，尤其是饮用水场景下，必须采用食品级304不锈钢水箱。

性能：镀锌水箱的性能主要体现在防腐方面，但其使用寿命可能受到水质中氯离子的影响。不锈钢水箱则因其表面涂层能有效抵抗腐蚀和氧化，且不易受水质影响，性能更优越。

外观：镀锌水箱外观通常是银白色，因表面有锌涂层。不锈钢水箱的外观为银灰色或深蓝色，因表面有铬涂层。

综上所述，选择镀锌水箱还是不锈钢水箱取决于具体的使用需求、预算以及对水质的要求。